氣相色譜柱是氣相色譜儀的核心部件之一。在氣相色譜分析時，色譜柱的選擇至關重要。

氣相色譜柱可分為毛細管色譜柱和填充色譜柱，相對于填充柱來說，毛細管柱一般具有更高的分離效能，這是因為：

①毛細管柱內徑較小，一般為0.1～0.7mm，內壁固定液膜極薄，中心是空的，故阻力很小，而且渦流擴散項不存在，譜帶展寬變小。由于毛細管柱的阻力很小，其長度可為填充柱的幾十倍，其總柱效比填充柱高得多。一般來說，一根30m長的毛細管柱很容易達到100000的總理論塔板數，而一根3m長的填充柱卻最多只有4500的總柱效。

②毛細管柱的分析速度約為填充柱的數十倍。由于液膜極薄，分配比k很小，相比大，組分在固定相中的傳質速度極快，因此有利于提高柱效和分析速度。它可在1小時內分離出包含一百多種化合物的汽油成分；可在幾分鐘內分離十幾種化合物。所以毛細管色譜柱對于復雜的樣品分離更為有利，如農產品中的農藥多殘留同時檢測、環境樣品的有機物污染檢測、化妝品中香精檢測等。

當然，毛細管柱也有其局限性。因其內徑小，柱容量小，且對進樣技術的要求更高，載氣流速的控制要求更為精確。進樣量越小，意味著對檢測器的靈敏度要求就更高。所以考慮到分析工作中成本和經濟效益，在進行簡單的永久氣體分析和低分子量有機化合物分析時，建議采用填充氣相色譜柱。